Уже в середине 1930-х годов в монастыре Падизе, как в важном архитектурном памятнике, начались археологические работы в виде расчистки от объекта от завалов под руководством историка искусства Виллема Раама, а также консервация стен и установка новой крыши. До своего средневекового облика была восстановлена находящаяся в северном переднем дворе артиллерийская башня, которая в период мызы была перестроена в амбар. В связи с произошедшим в 1927 году обвалом, были приведены в порядок стены надвратной башни, а такжы закрыта часть обрушавшихся оконных и дверных проемов церкви, относящихся к эпохе мызы. Из-за войны и оккупаций исследования были приостановлены, поскольку Раама после ареста выслали в Сибирь.
Защита и реставрация памятников архитектуры снова стали на повестке дня лишь во времена Хрущовской “оттепели”. С 1954 – 1969 год в Падизе проводилась масштабная расчистка от завалов, консервация стен, строительство новых крыш. Поначалу работами руководил реставрационный архитектор Рейн Зобель, а позже – снова Виллем Раам. Постепенно от завалов, копившихся в течение веков, была расчищена клаузура (внутренний двор). В 1961 году из северного переднего двора было вывезено около 1300 тонн камней и земли, которые свозились туда годами. Богатый на находки культурный слой раскапывался вручную с помощью лопат. При возможности для удаления завалов прибегали к помощи ковша экскаватора, но и тут часто приходилось работать лопатами и тачками, поскольку в 1950-х годах экскаватор был еще редкостью. В качестве копателей выступали местные рабочие и школьники, хотя немало шурфов выкопал сам руководитель полевых работ Виллем Раам.
В 1955 – 1969 годах были снесены остатки промежуточного потолка, перегородки и дымоход периода мызы, перекрыты все вырубленные в эпоху мызы оконные и дверные проемы и размурованы все окна и двери монастырского времени; в восточном крыле были восстановлены монастырские окна в зале капитула и в предполагаемом парлатории; законсервированы стены, выкопанные из-под завалов в западном крыле и из-под хозяйственной башни; над церковью и восточным крылом были сооружены шиферные крыши.
После перерыва, длившегося несколько десятков лет, работы были продолжены под началом волости Падизе и Совета по национальному наследию уже во время Эстонской Республики. Были построены некоторые новые навесные крыши и законсервированы разрушающиеся стены, помещения были очищены от завалов. В 2010 – 2012 году в рамках планирования последующих консервационных работ в Падизе, был проведен исследовательский проект в сотрудничестве с городским музеем Вантаа в Финляндии, в ходе которого, помимо прочего, были собраны данные о возрасте сохранившейся клаузуры, а также уточнены границы и характер построек до Восстания Юрьевой ночи.
Если в 1957 – 1969 годы устранялись, в основном, завалы и в качестве находок были получены предметы 17 – 19 века, относящиеся к эпохе мызы, то с помощью шурфов, выкопанных в 2010 – 2011 году, удалось добраться до культурного слоя монастырской эпохи и обнаружить некоторые предметы монашеского периода. Находок эпохи монастыря – в основном, керамических кувшинов и бокалов – было больше всего найдено во внутреннем дворе. В северном переднем дворе выяснилось, что двор покрывает земляная насыпь, под которой на глубине 1,5 м находился монастырский культурный слой.
Крепостная стена северного переднего двора, контур которой виден и ныне, сооружена поверх насыпи. В северо-западной части северного переднего двора обнаружили прямоугольное здание. В ходе раскопок выяснилось, что вдоль церковной стены никогда не было рва, как предполагалось ранее.