В восточном конце церкви было невозможно разместить часовни для алтаря, поскольку монастырь был построен в виде четырехугольной крепости и церковное помещение было относительно маленьким. По этим причинам, для остальных алтарей под восточным сводом была построена часовня, т. н. крипта.
Во время проводившихся в 2019 году археологических работ выяснилось, что на северной стороне крипты сохранилось два основания от алтарей. Размеры найденного в крипте фундамента идеально подходят для алтарной плиты, которая в Новое время находилась в часовне Вяйке-Пакри. Вероятно, что один из этих алтарей покрывала именно эта алтарная плита с Вяйке-Пакри. Можно лишь предположить, что фон Раммы подарили ее после после разрушения алтарей шведским крестьянам для алтаря тамошней часовни.
На задней стороне плиты сохранилось круглое углубление для установки распятия. Основание крипты использовалось для погребения некоторых монахов.
В католическую эпоху на стене каждого храма во время освящения рисовались кресты. В крипте Падизе такие кресты сохранились на четырех стенах. Уцелели лишь врезанные в штукатурку контуры, которые являлись основой для росписи, однако, краска уже давно сошла.