Начавшаяся в 1558 году русско-ливонская война принесла поворотные событие и в Падизе. В 1559 году Ливонский орден прекратил деятельность монастыря и превратил главное его здание в крепость. В 1561 году шведы обосновались в Таллинне на Тоомпеа, которые 8 сентября захватили Падизе. Падизе стал важным опорным пунктом в распространении шведской власти в западной Эстонии, монастырские владения была преобразованы в лен мызы, которой от имени короля начал заведовать фогт. Начался длившийся шестьдесят лет период. который был прерван занявшими Падизе русскими лишь на пять лет (1576 – 1580).
В обязанности фогта в Падизе входили не только сбор налогов и составление отчетов. Как местный представитель государственной власти, которого утверждал король, он должен был заботиться о состоянии дорог и мостов, присматривать за пересекающими границы ленов путешественниками и предлагать ночлег и пищу лицам, находящимся на государственной службе, в том числе гонцам и их лошадям. Также кров и еду нужно было давать военным отрядам, либо организовывать пребывание на территории лена.
В укреплениях нужно было обеспечивать уход за оружием. В связи с размещением гостей, в амбарах и кладовых государственной мызы всегда должно было иметься достаточное количество провизии: свежее пиво и хлеб, мясо, рыба, овощи и пр. Фогт должен был поддерживать поместье в порядке, руководить деятельностью работников поместья и решать местные споры. Ежегодно к Иванову дню, фогту нужно было резюмировать сведения о налогах, доходах, расходах, зарплатах, об останавливавшихся в держании гостях итд, а также записывать имущество мызы. Отчеты посылались наместнику в Таллинне, а оттуда – в Швецию, где они по сей день хранятся в Шведском государственном архиве.
Во время Ливонской войны как шведы, так и русские, в значительной мере укрепили крепость Падизе.
Скорее всего, фогт вместе с его приближенными обосновались в главном здании монастыря, а гарнизон и наемники были расквартированы в северном и восточном переднем дворе. Передние дворы были укреплены: вокруг был возведен земельно-бревенчатый вал, который в северном переднем дворе имел еще и каменную стену. По углам передних дворов могли быть низкие круглые артиллерийские башни или земельно-бревенчатые укрепления, однако, от них ничего не сохранилось. Часто предполагается, что круглая артиллерийская башня в северо-восточном углу северного переднего двора была построена в Ливонскую войну, но она может относиться и к эпохе монастыря..