Сохранившуюся до наших дней клаузуру начали планировать лишь после Восстания Юрьевой ночи (1343). О более ранних постройках известно мало, потому как они исчезли уже в средние века. Монастырь до восстания состоял, очевидно, из нескольких небольших деревянных зданий, которые располагались разрозненно на более крупной территории, нежели сам укрепленный монастырь. Более четкие сведения имеются лишь об одном длинном каменном здании, от которого остались единичные каменные фрагменты в западной части клаузуры. Оно охватывало все позднее западное крыло и выступало из клаузуры наружу в южной стороне.
Здание состояло из двух частей более-менее одинаковой длины. Из них южная сторона была, в свою очередь, поделена на два, ровно одинаковых квадратных помещения высотой в 3 метра, внутренние стороны которых обрамляли стрельчатые ниши. В северной части, на месте более позднего западного крыла, располагалось низкое и длинное помещение с гладкими стенами. Маленькие и высокие помещения со стрельчатыми нишами в южной части предназначались, скорее всего, для жилья; низкое помещение в северной части – для склада. Наиболее представительные помещения находились, вероятно, на основном этаже, который не сохранился.
Все известные нам оконные и дверные проемы здания находились в восточной стене, т.е открывались во двор, который существовал уже тогда. Нижние части окон и вход с лестницей на северной стороне сохранились под стенами поздней галереи и до сих пор видны со двора. Западная стена, выходящая на реку, была одновременно внешней стеной монастырского комплекса. Судя по выпирающим в юго-восточном углу здания связующим камням, в этой части планировалось возведение крепостной стены, которую, возможно, так и не успели построить.
Возраст раннего здания не ясен: его построили либо уже во второй половине 13 века, в качестве главного здания хозяйственного поместья монастыря Дюнамюнде, либо лишь в первой половине 14 века, как первое здание монастыря Падизе. Предполагалось, чтобы второй этаж представлял из себя часовню, которая упоминается в источниках уже в 1280-х годах. Возможно, какая-то из комнат основного этажа и использовалась в качестве часовни, но, вероятнее, что часовня все же была отдельным строением, остатки которой до сих пор не найдены. Возможно, некоторые из сохранившихися до наших дней резных камней некогда находились в построенной в 13 веке часовне.