Церковь монастыря Падизе – ораторий – была построена, в отличие от типичных цистерцианских монастырских церквей, в виде очень простого коробчатого чертырехсводного помещения, которое скорее напоминает домскую церковь Хаапсалу, а также некоторые церкви из Западной Эстонии и на островах. В строительных традициях цистерцианцев обычно не предусмотрены башни, резные скульптуры и цветные витражи. В Падизе же, однако, наряду с резными оконными обрамлениями, наиболее примечательными элементами являются рельефные украшения резных каменных консолей.
На консолях изображены некоторые обыкновенные и фантастические животные, такие как заяц, волк, свинья, обезьяна, лев и единорог, которые образно демонстрируют человеческие искушения в борьбе добра со злом. На консолях также прослеживаются геометрические изображения и бородатые старики, которые считаются изображениями основателя ордена цистерцианцев святого Бернарда. Находящиеся в углах геометрический консоли иного вида, происходят, видимо, из другой, более ранней церкви. При внимательном рассмотрении, видно, что изначально они были задуманы не для углов, а для ровной стены. Церковь в нынешнем виде была, вероятно, построена к середине 15 века, что отражено в источниках, когда в 1448 было упомянуто освящение церкви.
Как правило, ораторий цистерцианцев разделен с помощью решетки или перегородки на две части: на хор для монахов на восточной стороне и на хор для братьев-мирян на западной. Они должны были быть физически отделены друг от друга и даже входить в церковь через разные порталы.
В зоне монахов были обычно продольно стоящие по отношению к церкви скамьи. У каждого монаха там было пожизненно отведенное ему место с подлокотниками, на котором он проводил большую часть времени сидя, стоя или на коленях. У аббата и приора были, вероятно, свои, иначе расположенные скамьи в западной части церкви, с видом на главный алтарь. За ними вдоль перегородки во многих монастырях были места для больных или одряхлевших от старости монахов.
Возле восточной стены находится основание некогда стоявшего там главного алтаря. Поскольку главный алтарь и происходящее вокруг него должны были быть всем хорошо видны, то, чаще всего, перед ним было несколько ступенек. В средневековье у главного алтаря цистерцианцев отсутствовало резное и расписное ретабло. На покрывающем алтарь половой плитке – мензе – могла лишь присутствовать ткань. За алтарем хранился в положении стоя процессионный крест, если им в тот момент не пользовались. Поскольку во время причастия монахи проходили за алтарем, крест находился от стены немного дальше.
Стенд, перед которым вы стоите, находится в большой нише, которая в монастырское время была оснащена скамьей, т. н. седилией, на которой церемониально сидел проводивший мессу целебрант (священнослужитель проводивший причастие) вместе со своими помощниками во время некоторых эпизодов мессы. Находящийся рядом с нишей портал ведет в ризницу, в которой братья-священники хранили необходимые для мессы предметы и переодевались.
В полу восточного свода церкви нашли три пустых погребальных ящика, что неожиданно, поскольку под церковью была не почва, а своды подвального этажа. Погребальные ящики были некогда покрыты надгробными плитами из плитняка. В ящике могли быть похоронены какие-нибудь выдающиеся аббаты или донаторы (жертвователи).
Для низких комнат нижнего яруса во внешней стене были пробиты оконные или дверные проемы (теперь вновь замурованные), а также построены кафельные печи для того, чтобы этаж выглядел изнутри, как обычное здание поместья. Верхний этаж представлял собой оригинальный зал, где сохранились средневековые своды и остроконечные окна. В ходе реставрационных работ 1950 года все следы периода мызы были ликвидированы или скрыты.