Padise klooster sai alguse oma Lätis, Väina jõe suudmes asunud eelkäija, Daugavgrīva (saksa k Dünamünde) kloostri väiksest maavaldusest Padisel Määraküla ja Harju-Risti ümbruses. Daugavgrīva kloostri likvideerimise järel 13.–14. sajandi vahetusel asutati Padise maadele uus klooster.

Padise tsistertslaste kloostri ehitustööd algasid 14. sajandil ning kestsid vaheaegadega üle 200 aasta. Suurejoonelise kindlustatud kloostrikompleksi rajamiseks andis 1305. aastal loa Taani kuningas Erik Menved. Ehitama hakati 1317. aastal. Dünamündest pärit mungad rajasid kloostri eestlaste Padise muinaslinnuse lähedale, Simmiku ehk Kloostri jõe äärde. Koha valiku tingis ühelt poolt tsistertslaste ordu reegel asutada uus klooster kõrvalisemasse paika, metsasesse või soisesse, vähese asustusega maanurka. Teisalt oli oluline sobiva põllumaa olemasolu, millest sõltus kloostri sissetulek. Tsistertslaste meesklooster pidi tingimata asuma voolava vee ääres, kus seda oli võimalik rakendada vilja- ja muude veskite ringi ajamiseks. Kolmanda tegurina mängis rolli lähedus võimukeskustele. Ajaloolise Tallinn–Haapsalu maantee koolmekoht ligikaudu 50 km kaugusel Tallinnast sobis selleks hästi.

Erinevalt näiteks katoliiklikest kerjusmunkade ordudest (dominiiklased, frantsisklased), kes rajasid oma keskused linna ning kelle üheks eesmärgiks oli just suhelda rahvaga, taotlesid tsistertslased täielikku eraldatust. Tavainimestel ei olnud asja tsistertslaste kloostri müüride vahele, isegi mitte kloostrikirikusse ning samamoodi ei olnud tsistertslasel reeglina asja välismaailmaga, välja arvatud hädavajadusel. Kohalike elanike jaoks ehitati väljapoole kloostrit eraldi väike kirik või kabel. Padisel avastati sellise, arvatavasti Antoniusele pühendatud väikese kiriku jäänused 2009. aastal kergliiklustee ehitusel maantee ja mõisa vahelt, mõisa sissesõidutee kõrvalt. Selle juurde kuulus kalmistu, kuhu maeti kohalikke elanikke.

Hiliskeskajaks kuulusid Padise kloostrile paljud külad Vasalemaast Nõvani. Eraldi suurem maatükk asus Ida-Harjus Raasiku ümbruses. 14. sajandil oli kloostril maid praeguse Helsingi ja Vantaa ümbruses ning kalastamisõigus Vantaa jõel. Ehkki tsistertslaste kloostrid olid vägevad ehitised, elasid mungad nende seinte vahel askeetlikku elu, väheste lihtsate riiete ja viletsapoolse ning ühekülgse toiduga.

Kahjuks teame elust Padise kloostris kirjalike allikate vähesuse tõttu väga vähe. Kloostri ligi kahe ja poole sajandi pikkuse tegevuse kohta on säilinud vaid fragmendid. Neist kõige tuntum kild pärineb kroonikatest, kus antakse lakooniliselt teada, et 1343. aastal tapsid harjulased Jüriöö ülestõusu käigus 28 kloostri munka ja põletasid hooned. On oletatud, et Jüriöö taoliste sündmuste kartuses ehitati klooster uuesti üles linnuselaadse kindlustatud hoonekompleksina. Rohkem traagilisi sündmusi enne Liivi sõda teada ei ole.

Klooster püsis Padisel kuni Liivi sõja alguseni 1558. aastal, mil Saksa ordu väed selle üle võtsid. Järgnevates Liivi sõja sündmustes täitis klooster linnuse otstarvet, mida erinevad vaenuväed mitmeid kordi hõivasid. Viimaks suutsid Rootsi väed kloostri pika piiramise järel venelastelt 1580. aastal enda kätte saada. Sõjas tugevalt kahjustada saanud klooster jäi mitmekümneks aastaks varemetesse. Endised kloostri maavaldustest sai Rootsi riigi omand.

Padise kloostri ajaloos pöörati uus lehekülg 1622. aastal, mil Rootsi kuningas Gustav II Adlof läänistas endised kloostri maavaldused Riia linnapeale Thomas Rammile. Vastne omanik alustas kloostri osaliste taastamistöödega, et rajada sinna eluruumid. Ümberehitustööde käigus raiuti paksudesse paekivimüüridesse uusi ukse- ja aknavasid, ehitati vaheseinu, ahje ja kaminaid, senine kõrge kirikuruum otsustati poolitada vahelagedega. Mõned kümned aastad hiljem olid suuremad ümberehitustööd lõppenud. Mõisasüdamesse oli jõutud rajada iluaed koos väikese veesilmaga. 17. sajandit on peetud Padise mõisa ajaloo üheks säravamaks perioodiks.

18. sajandi alguses puhkenud Põhjasõda ei jätnud Padiset puutumata, kuid sõjategevusest valusamalt niitis kohalikku rahvast 1710. aastal alanud katkuepideemia. Must surm viis mõnest külast hauda koguni kolmveerand selle elanikest.  Üldse oli see sajand Padise jaoks õnnetu. 1760. aastatel tabas mõisa järjestikku mitu rasket tuleõnnetust. Esmalt põlesid 1763. aastal loomalaudad. Veel rängemaks kujunes 1766. aasta 4. mai tulekahju. Tugeva tuule tõttu levis tuli kiiresti ning hävitas värskelt laiendatud ja renoveeritud lossi täielikult. Laastamistöö ulatus oli sedavõrd suur, et selle omanik Thomas von Ramm-juunior otsustas kloostrihoone hüljata ning ehitada sajakonna meetri kaugusele uue Padise mõisa häärberi. Padise mõis jäi von Rammide perekonna kätte kuni Eesti iseseisvumiseni.

Padise mõis sundvõõrandati maanõunik Reinhold Clas Gustav von Rammi käest vastavalt Asutavas Kogus 1919. aastal vastu võetud Maaseadusele. Noor riik pidi paljude ülesannete seas hakkama tegelema ka ehituspärandiga. Algusaastatel olid tulemused minimaalsed: raha oli vähe ning samas puudus ka ühtne arusaam sellest, mis on siin üldse säilitamisväärne. Traditsiooniliselt loeti eestlase põhivaenlasteks ordurüütlit ja mõisnikku, mistõttu ajalooliste ehitiste säilitamine polnud kaugeltki enesestmõistetav. 1930. aastateks olid arusaamad pisitasa muutunud. Esimesed konserveerimistööd viidi Padise kloostris läbi 1930. aastal. Pikemaks ajaks taas katkenud konserveerimis- ja korrastustööd algasid uuesti 1955. aastate keskel. Lühemate ja pikemate vaheaegade järel on Padise klooster tänaseks konserveeritud.

Viimastest olulisematest töödest väärib eraldi väljatoomist aastatel 2010–2012 Padise kloostri konserveerimistööde edasiseks kavandamiseks läbi viidud rahvusvaheline projekt koostöös Vantaa linnamuuseumiga, milles osalesid lisaks arheoloogidele tudengid ja teadlased Tallinna Ülikoolist ja Tartu Ülikoolist ning Helsingi Ülikoolist ja Turu Ülikoolist.

Viimased ulatuslikud kloostrikompleksi konserveerimistööd viidi läbi 2018-2019.  Arheoloogilise järelevalve käigus leiti kloostri kiriku põrandast kivist laotud tühjad hauakastid ning tõenäoline altarikoht. Kiriku laest avastati sinise ja punase maalingutriibuga krohvifragmente ning maalingutriipudest on jälgi ka vööndkaartel. Krüpti põrandast leiti üks matus.

 

Padise kloostri kohta on ilmunud mitu raamatut, üks olulisemaid "Keskaja sild Padise ja Vantaa vahel" on küll poodidest otsas, kuid võrgust leitav ja loetav: https://www.digar.ee/arhiiv/nlib-digar:262868