Aastakümnete jooksul on kloostrivaremest välja kaevatud rikkalik leiumaterjal, mida ei ole kloostris võimalik tutvustada. Külastuskeskuse ekspositsioon tutvustab Padise kõige varasemaid – 13. sajandi raidkive, kiriku akende ehisraamistikke, hilisema mõisa-ajastu interjöörielemente (ahjukahlid) ja olmet (lauanõud) ning mitmeid vähe tuntud vaateid enne ja pärast restaureerimist.

Kloostris jalutades on raske aimata vareme korrastamise käigus toimunud kaevetöö hulka – ainuüksi sisehoovist on ära veetud üle 2,5 m paksune kiht varingurusu. Kloostriaegseid ladestusi on siiski kaevatud vähe, mistõttu enamiku leide moodustavadki raidkivid ning mitmesuguste varauusaegsete tarbeesemete tükid.

Aegade jooksul toimunud kaevamiste käigus leitud esemeid säilitatakse ülikoolide ja muuseumide fondides. Kohapealne valik on meieni jõudnud tänu arheoloog Villu Kadakale, kes külastajatele ka ülevaate koostas.